Prosedur yang digunakan dalam metode tafsir Tematik tidak ada perdebatan diantara para ulama’ mufasir yang mengunakan metode tematik ini. paling tidak ada tujuh, tapi tidak semua mufasir mengunakannya secara keseluruhan, umumnya mereka menerapkannya sebagian bahkan ada yang tidak mengunakan sama sekali prosedur ini.
Sebagai contoh, Berikut ini adalah prosedur penafsiran Al-Qur'an secara Tematik yang dikemukakan oleh Prof. Dr. Abdul Hay Al-Farmawiy, yang juga menjabat guru besar pada Fakultas Ushuluddin Al-Azhar, menerbitkan buku Al-Bidayah fi Al-Tafsir Al-Mawdhu'i dengan mengemukakan secara terinci langkah-langkah yang hendaknya ditempuh untuk menerapkan metode mawdhu'iy. Langkah-langkah tersebut adalah:
1. Menentukan tema atau judul yang akan di teliti.
2. Me-Research ayat-ayat yang berkaitan dengan tema untuk kemudian dihimpun.
3. Menyusun ayat tersebut sesuai dengan kronologinya (asbabunnuzulnya), mendahulukan ayat makiyah daripada surat madaniyah
4. Memahami korelasi(munasabah) ayat-ayat tersebut dengan ayat-ayat lainnya didalam suratnya masing-masing.
5. Menyusun tema pembahasan dalam kerangka yang sistematis.
6. Mengambil hadist-hadist yang releven dengan pokok bahasan sebagai pendukung dan pelengkap
7. Membahas ayat ayat tersebut secara tematik dan koperhensif dengan cara mengkoleksi ayat-ayat yang mempunyai muatan isi yang sama mengkompromikan antara pengertian yang umum dan yang khusus, mutlak dan muqoyad, mensingkronkan antara antar ayat yang nampak kontradiktif, menjelaskan nasah dan mansukh sehinga semua menyatu dalam satu makna tanpa perbedaan dalam penafsiran.
Prosedur ini juga diterapkan oleh Quraish shihab dengan menambahi satu prosedur lagi sehingga menjadi delapan. Yaitu: Menyusun kesimpulan yang mengambarkan jawaban dari Al-Qur’an tentang masalah yang dibahas.