Imam Abu Ishak Ibrahim ibn Musa Al-Syatibi Al-Andalusi (w. 790 M) disebut-sebut sebagai orang yang menentang penggunaan tafsir ilmi terhadap ayat-ayat al-Qur’an. Menurut Al-Syatibi,
اِنَّ السَلَفَ الصَالِحَ مِن صَحَابَةِ وَالتَّابِعِينَ وَمَنْ يَلِيْهِمْ كَنُوا اَعْرَفُ بِالقُرْاَنِ وَبِالعُلُومِهِ وَمَا اَوْدَعَ فِيهِ
Artinya:
Bahwa semua ulama’ terdahulu dari kalangan sahabat Nabi, tabi’in, dan dan yang setelahnya, lebih mengetahui al-Qur’an, ilmu, dan segala problemnya .
Asy-Syatibi berpendapat bahwa metode yang diterapkan siapapun yang tidak pernah digunakan oleh para sahabat dan tabi’in maka metode itu tidak releven diterapkan dalam penafsiran. Termasuk yang tidak pernah dipraktekkan oleh sahabat dan tabi’ain adalah tafsir ilmi(saintifik). Oleh karena itu, menurut beliau tafsir saintifik ini tidak releven dalam tafsir Qur’an. Beliau berpendapat bahwa Ulama terdahulu lebih mengetahui hakikat dan majaz Al-Qur’an. Di lain sisi, Al-Syathibi berlebih-lebihan pula, sehingga ia mengatakan bahwa "Al-Quran tidak diturunkan untuk maksud tersebut," dan bahwa "Seseorang, dalam rangka memahami Al-Quran, harus membatasi diri menggunakan ilmu-ilmu bantu pada ilmu-ilmu yang dikenal oleh masyarakat Arab pada masa turunnya Al-Quran. Siapa yang berusaha memahaminya dengan menggunakan ilmu-ilmu bantu selainnya, maka ia akan sesat atau keliru dan mengatasnamakan Allah dan Rasul-Nya dalam hal-hal yang tidak pernah dimaksudkannya." Dalam kesempatan yamg lain asy-syatibi lebih tegas lagi mengatakan bahwa tidak boleh memahami Al-Qur’an kecuali sebagaimana yang difahami oleh para sahabat dan orang yang setingkat pengetahuannya dengan para sahabat. Ulama ini menurut Qurais Shihab, telah lupa akan perintah untuk memfikirkan ayat-ayatnya tidak hanya ditujukan kepada sahabat saja tapi juga ditujukan kepada generasi sesudahnya yang tentunya generasi tersebut cara berfikirnya tidak sama dengan cara berfikirnya para sahabat, generasi sesudahnya berfikir sesuai dengan perkembangan lingkungan disekitarnya masing-masing.
Tokoh pemimpin yang menentang pemikiran tafsir Ilmi ini berasal dari Andalusia, meninggal pada tahun 790 hijrah. Beliau memberi alasan lagi, bahawa Al-Qur’an bukan buku ilmu pengetahuan tapi ia adalah kitab yang membawa petunjuk bagi manusia ke jalan yang benar. Untuk memahami dan menginterpretasikan al-Quran tidak perlu mengaitkan ayat-ayat al-Quran dengan kebenaran-kebenaran ilmiah dan teori-teori ilmu alam. Akan tetapi cukup dengan memahami ayat-ayat al-Quran dengan mengungkapkan makna-makna yang ditunjukkan oleh teks ayat dan benar-benar sesuai dengan konteksnya tanpa melangkah terlalu jauh dan lepas ke makna yang tidak ditunjukkan oleh teks ayat dan hal-hal lain yang tidak perlu diungkap dalam kaitan dengan pensyari’atan agama Islam dan fungsi al-Quran sebagai kitab hidayah (petunjuk). Kalaupun dari ayat Al-Qur’an itu sendiri tidak boleh menjawab persoalan yang ada, maka kita merujuk ke Sunnah Rasul, dan apabila sunnah tidak dapat menjawab persoalan itu juga, maka kita merujuk ke sahabat.
Mengenai surat Al-An’aan ayat 38 yang digunakan jalaluddin As-Suyuti sebaga dalil atas keabsahan tafsir ilmi,

Artinya:
Dan tiadalah binatang-binatang yang ada di bumi dan burung-burung yang terbang dengan kedua sayapnya, melainkan umat (juga) seperti kamu. tiadalah kami alpakan sesuatupun dalam Al-Kitab, Kemudian kepada Tuhanlah mereka dihimpunkan.
Asy-syatibi mengatakan bahwa tidaklah dapat diterima, karena yang dimaksudkan dengan kata al-Kitab dalam ayat tersebut adalah Loh Mahfuz. Lebih lanjut lagi, Asy-Syatibi mengatakan mengenai hal ini:”Menambahkan sesuatu yang tidak semestinya ada dalam al-Quran adalah tidak boleh. Sebagaimana tidak dibolehkan mengingkari apa yang sudah semestinya menjadi pengertian Al-Qur’an. Setiap orang harus membatasi diri dalam mencari rujukan untuk dapat memahami Al-Qur’an (pada apa yang diketahui orang-orang Arab pada masa dulu) Dengan demikian, akan sampai kepada pengetahuan tentang hukum-hukum syari’at. Barang siapa yang menggunakan cara selain itu, maka ia akan sesat dalam memahami Al-Qur’an dan berbicara yang tidak semestinya mengenai Allah dan Rasul-Nya”.
Abu hayyan Al-Andulisi saat mengkritik mufasir Fahrur Razi mengatakan, tafsir ilmi merupakan bentuk tafsir yang menyimpang dari cakupan ilmu tafsir.
Dr. Abd al-Majid Abdussalam al-Muhtasib, dalam kitabnya Ittijahat at-Tafsir fi al-Ashr al-Hadis, dengan tegas menolak tafsir ilmi. Menurutnya penafsiran seperti ini merupakan pemaksaan terhadap ayat-ayat Al-Qur’an, dalam pendapatnya ini beliau menilai orang-orang yang menafsirkan Al-Qur’an dengan ilmu pengetahuan sebenarnya menempatkan ayat-ayat al-Qur’an pada posisi yang tidak semestinya.
“Saya tidak mengakui (mengingkari) orientasi tafsir Ilmi terhadap Al-Qur’an. Tidak dibenarkan memaksakan ayat-ayat Al-Qu’ran terhadap ilmu-ilmu kealaman. Saya tidak setuju kepada orang-orang yang berusaha mengambil teori-teori ilmiyah dari ayat-ayat Al-Qur’an. Sesungguhnya Al-Qu’ran Al-Karim bukanlah kitab ilmu pengetahuan seperti Kimia, ilmu Atom, Geometri, ilmu Falak, ilmu Fisik, dan lain sebagainya. Tetapi , Al-Qur’an diturunkan Allah kepada nabi Muhammad S.A.W agar menjadi kitab hidayah, dan rahmat bagi manusia…”
Lebih lanjut Al-Muhtasib menguraikan kritiknya terhadap tafsir ilmi dengan mengatakan:”Cukuplah bagi kita bahawa al-Quran tidak bertentangan (dan tidak akan bertentangan) dengan hakikat ilmu pengetahuan yang diterima oleh akal. Cukuplah bagi kita bahawa al-Quranlah yang membuka pintu akal kaum Muslimin, mendorong mereka mentadabburi, menafakkuri, merenungkan, membahas, memikirkan, dan mendalami ilmu pengetahuan (sains). Cukuplah bagi kita bahwa orang-orang yang kitab sucinya Al-Qur’an telah hidup bersama ilmu dalam suasana harmoni dan kasih sayang, sementara pengikut kitab agama lain telah menjadi tonggak keras yang menghadang ilmu dan para ilmuwan di abad pertengahan, yang menyebabkan salah seorang pemikir sesat”.
Adapun kritikan yang paling tajam yang pernah dilontarkan kepada para mufasir ilmi adalah apa yang telah dilakukan oleh Dr. Mahmud Syaltut dalam kitabnya Tafsir Al-Qur’an al-Karim, pada bagian muqaddimahnya ia menulis bahawa ada dua segi yang harus di jauhi atau dibersihkan dalam menafsirkan Al-Qur’an; pertama, menta’wilkan Al-Qur’an menurut pendirian berbagai aliran mazhab; dan kedua, mentafsirkan Al-Qur’an atas dasar teori-teori ilmiah. Hal ini (kata Mahmud Syaltut lebih lanjut) karana Allah SWT tidak menurunkan Al-Qur’an kepada manusia dengan tujuan menyajikan teori-teori ilmiah, teknologi, yang rumit-rumit dan bermacam-macam ilmu pengetahuan.
Menurut Manna’ Khalil Al-Qattan, orang yang menolak tafsir ilmi mengatakan bahwa golongan yang menafsirkan Al-Qur’an dengan ilmu pengetahuan sebenarnya mereka telah melakukan kejahatan terhadap Al-Qur’an meskipun mereka mengira telah berbuat kebaikan dengan penafsirannya tersebut. Karena ilmu pengetahuan bersifat labil dan suatu saat teori yang dianggap benar sangat mungkin terhapus oleh teori penemuan baru sedangkan Al-Qur’an sifatnya adalah absolute kebenarannya sehingga tidak etis meletakkan ketidak pastian sains pada Al-Qur’an yang sakral dan pasti kebenarannya. Mereka mengatakan kemukjizatan ilmiah Al-Qur’an tidak terletak pada berapa ada tidaknya teori ilmiah yang dikandung dalam Al-Qur’an, akan tetapi kemukjizatan Al-Quran terletak pada dorongan Al-Qur’an kepada manusia untuk berfikir dan mengunakan akalnya, salah satunya seperti surat Ar-Ra’d ayat 3:

Artinya:
“Dan Dia-lah Tuhan yang membentangkan bumi dan menjadikan gunung-gunung dan sungai-sungai padanya. dan menjadikan padanya semua buah-buahan berpasang-pasangan, Allah menutupkan malam kepada siang. Sesungguhnya pada yang demikian itu terdapat tanda-tanda (kebesaran Allah) bagi kaum yang memikirkan.”
Menurut Al-Qattan eksitensi dorongan berfikir dan menuntut ilmu lebih urgen dari pada ekitensi teori ilmiah dalam Al-Qur’an. Karena Eksitensi dorongan tersebut lebih bisa mengembangkan kreatifitas dan semangat manusia dalam menuntut ilmu. Eksitensi teori ilmiah tidak lebih hanya sekedar hidayah dan hanya sedikit saja memberi efek positif bagi ilmu pengetahuan manusia. Al-Qattan juga mengatakan bahwa Al-qur’an membawa sesuatu yang besar yaitu hidayah dan misi memberi keselamatan dan kebahagiaan didunia dan diakhirat. Al-Qur’an tujuan utamannya tidak sekedar membawa pengetahuan yang bersifat parsial seperti ilmu Falaq, Biologi, Kimia, Kedokteran dan lain-lain. Tapi beliau heran mengapa ada golongan yang terlalu fanatik terhadap Al-Qur’an sehingga mereka berupaya mencari-cari ilmu-ilmu tersebut dalam Al-Qur’an.
Secara sederhana dapat di simpulkan hujjah-hujjah mengapa tafsir ilmi tertolak adalah sebagai berikut:
1. Sesungguhnya Al-Qur’an adalah kitab aqidah, syariat, adab dan kitab hidayah. Dan bukanlah tujuannya kita memperkatakan tentang kajian-kajian ilmiah, tapi cukup hanya mengarahkan manusia agar melihat dan berfikir. Dan ia tidak bertentangan dengan hakikat ilmiah.
2. Sesungguhnya aliran ini (yang setuju tafsir ilmi) bisa memaligkan manusia dari hidayah Al-Qur’an dan tujuannya yang asas dan utama, serta boleh menimbulkan syak umat Islam terhadap Al-Qur’an.
3. Sesungguhnya teori-teori sains sentiasa berubah dari semasa ke semasa. Apabila kita sandarkan teori-teori tersebut kepada Al-Qur’an akan membuat Al-Qur’an sendiri berubah mengikut perubahan tersebut.
4. Dengan tafsiran berbentuk ilmi ini banyak menyebabkan perubahan pada asal bahasa dan keluar dari balaghah Al-Qur’an.
Sebenarnya, semua hujjah yang telah dikemukakan oleh ulama-ulama yang menolak tafsir ilmi tidak lebih hanya sekedar ingin menjaga kesucian Al-Qur’an, agar tidak tercemar dengan segala perubahan yang sentiasa berkisar pada teori-teori sains.