Al-Qur’an menyapaikan bahwa janin dalam perut wanita mengalami berbagai priode peretumbuhan, baik itu penjelasan hanya secara global saja maupun secara terperinci. Total waktu yang diperlukan dalam tahapan tersebut pada umumnya terjadi selama 9 bulan. Ayat yang menjelaskan bahwa manusia mengalami tahapan kejadian adalah ayat:
1. Az-Zumar ayat 6

Artinya:
“ Dia menciptakan kamu dari seorang diri Kemudian dia jadikan daripadanya isterinya dan dia menurunkan untuk kamu delapan ekor yang berpasangan dari binatang ternak. dia menjadikan kamu dalam perut ibumu kejadian demi kejadian dalam tiga kegelapan. yang (berbuat) demikian itu adalah Allah, Tuhan kamu, Tuhan yang mempunyai kerajaan. tidak ada Tuhan selain Dia; Maka bagaimana kamu dapat dipalingkan?”
2. Nuh ayat 14

Artinya:
“Padahal dia Sesungguhnya Telah menciptakan kamu dalam beberapa tingkatan kejadian.”
3. Al-Insiqaaq ayat 19

Artinya:
“Sesungguhnya kamu melalui tingkat demi tingkat (dalam kehidupan)”
Jalaludin as suyuti menafsirkan kata dzulumat salasat (ظلمت ثلثات) Dalam surat az zumar dengan kegelapan yang dilalui oleh janin dalam gelapnya perut, gelapnya rahim dan gelapnya selaput pelindung bayi. Menurut prof Moor tiga kegelapan tersebut adalah:
A) Dinding anterior abdomen,yaitu Wadah rahim atau lapisan paling luar, mungkin ini yang dimaksud Jalaludin As-Suyuti dengan kegelapan perut.
B) Dinding uterus( dinding rahim).
C) Membran amniokorion . Ini adalah berupa selaput. amnion yaitu selaput yang berhubungan langsung dengan embrio dan menghasilkan cairan ketuban. Berfungsi untuk melindungi embrio dari guncangan. Chorion yaitu selaput yang terdapat diluar amnion dan membentuk jonjot yang menghubungkan dengan dinding utama uterus. Bagian dalamnya terdapat pembuluh darah. Lapisan ketiga ini oleh saghlul najjar ditambahi satu lagi yaitu Decidua.

Gambar 7.1: Dua lapisan yang membungkus embrio

Gambar 7.2:Lapisan ketiga
Disamping pernyatan yang global, Al-Qur’an juga menjelaskan tahapan pembentukan janin. Menurut Qurais shihab ada peredaan fase dalam tahapan fersi Al-Quran dengan fersi sains. Al-Qur’an membagi tahapan pembentukan janin dalam lima fase sedangkan sains membagi tiga fase saja. Lima periode tersebut: (1) Al-Nuthfah; (2) Al-Alaq; (3) Al-Mudhghah; (4) Al-'Idzam; dan (5) Al-Lahm.
Kelima priode ini dapat dijumpai dalam ayat-ayat berikut:
1. Firman Allah dalam surat Al-Hajj ayat 5:

Artinya:
“Hai manusia, jika kamu dalam keraguan tentang kebangkitan (dari kubur), Maka (ketahuilah) Sesungguhnya kami Telah menjadikan kamu dari tanah, Kemudian dari setetes mani, Kemudian dari segumpal darah, Kemudian dari segumpal daging yang Sempurna kejadiannya dan yang tidak sempurna, agar kami jelaskan kepada kamu dan kami tetapkan dalam rahim, apa yang kami kehendaki sampai waktu yang sudah ditentukan, Kemudian kami keluarkan kamu sebagai bayi, Kemudian (dengan berangsur- angsur) kamu sampailah kepada kedewasaan, dan di antara kamu ada yang diwafatkan dan (adapula) di antara kamu yang dipanjangkan umurnya sampai pikun, supaya dia tidak mengetahui lagi sesuatupun yang dahulunya Telah diketahuinya. dan kamu lihat bumi Ini kering, Kemudian apabila Telah kami turunkan air di atasnya, hiduplah bumi itu dan suburlah dan menumbuhkan berbagai macam tumbuh-tumbuhan yang indah.”
2. Firman Allah dalam surat Al-Mukminun ayat 12-14:

Artinya:
12.Dan Sesungguhnya kami Telah menciptakan manusia dari suatu saripati (berasal) dari tanah.
13.Kemudian kami jadikan saripati itu air mani (yang disimpan) dalam tempat yang kokoh (rahim).
14.Kemudian air mani itu kami jadikan segumpal darah, lalu segumpal darah itu kami jadikan segumpal daging, dan segumpal daging itu kami jadikan tulang belulang, lalu tulang belulang itu kami bungkus dengan daging. Kemudian kami jadikan dia makhluk yang (berbentuk) lain. Maka Maha sucilah Allah, Pencipta yang paling baik.
Sedang dalam masalah ini nabi Saw bersabda:
عَنْ اَنَسِ بنِ مَلِكِ عَنْ النَّبِى صَلَى اللهُ عَليْهِ وَ سَلَّمَ قاَلَ اِنَّ اللهَ عَزَّوَجَلَّ وَكَّلَ بِالرَّحِمِ مَلَكاً يَقُوْلُ يَا رَبِّ نُطْفَةً يَا رَبِّ عَلَقَةً يَا رَبِّ مُضْغَةً فَاِذَ اَرَادَ اللهُ اَنْ يَقْضَى خَلْقُهُ قَالَ اَذَكَرٌ اَوْ اُنْثَى؟ شَقِىٌ اَو سَعِيدٌ؟ فَمَا الرِزْقُ فَمَا الاَجَلُ؟ فَيَكْتُبُ فِى بَطْنِ اُمِّهِ
Artinya:
‘diceritakan dari anas bin malik dari nabi Saw bersabda sesunguhnya Allah azza wa jalla mengutus malaikat kedalam rahim ibu. Malaikat tersebut berkata: ya tuhan masih berupa nutfah!, lalu kembali lagi dan berkata lagi ya tuhan masih berupa alaqah! Lalu kembali dan berkata ya tuhanku masih berupa mudghah! . maka apabila telah disempurnakan kejadiannya maka malaikat tersebut bertanya kepada Allah dijadikan laki-laki atau perempuan?, diberi kesengsaraan atau kebahagiaan? Rizkinya? Dan ajalnya?.’
Menurut embriologi, proses kejadian manusia terbagi dalam tiga periode:
1.priode Ovum(pre-embrionik)
Periode ini dimulai dari fertilisasi (pembuahan) karena adanya pertemuan antara set kelamin bapak (sperma) dengan sel ibu (ovum), yang kedua intinya bersatu dan membentuk struktur atau zat baru yang disebut zygote. Setelah fertilisasi berlangsung, zygote membelah menjadi dua, empat, delapan, enam belas sel, dan seterusnya. Selama pembelahan ini, zygote bergerak menuju ke kantong kehamilan, kemudian melekat dan akhirnya masuk ke dinding rahim. Peristiwa ini dikenal dengan nama implantasi.
2.Priode Embrio
Periode ini adalah periode pembentukan organ-organ. Terkadang organ tidak terbentuk dengan sempurna atau sama sekali tidak terbentuk, misalnya jika hasil pembelahan zygote tidak bergantung atau berdempet pada dinding rahim. Ini dapat mengakibatkan keguguran atau kelahiran dengan cacat bawaan.
3.Priode Foetus
Periode ini adalah periode perkembangan dan penyempumaan dari organ-organ tadi, dengan perkembangan yang amat cepat dan berakhir pada waktu kelahiran.
Dari sini bila diadakan penyesuaian antara embriologi dengan Al-Quran dalam proses kejadian manusia, nyata bahwa periode ketiga yang disebut Al-Quran sebagai al-mudhghah merupakan periode kedua menurut embriologi (periode embrio). Dalam periode inilah terbentuknya organ-organ terpenting. Sedangkan periode keempat dan kelima menurut Al-Quran sama dengan periode ketiga atau foetus. Ada yang mengatakan ketiga tahapan reproduksi manusia menurut ilmu embriologi diatas adalah yang dimaksud dengan tiga kegelapan dalam surat Az-Zumar diatas.