Selama ini kritik tentang metode tematik juga ada tapi kelemahan-kelemahan tersebut tidak sampai mempengaruhi urgenitas tematik sebagai metode tafsir modern. Kritik tersebut seperti: Pertama timbulnya kesan tidak etis terhadap kitab suci Al-Qur'an sebab adannya pengkajian ayat- ayat Al-Qur'an secara sepotong-sepotong dan tidak berurutan sebagaimana mushaf Usmani. Kedua pembatasan bahasan sesuai dengan tema tertentu membuat pemahaman ayat terbatas. Ketiga membutuhkan kecermatan determinasi keterikatan tema yang diangkat.
Dalam penerapan metode ini juga harus menghindari kekeliruan-kekeliruan yang mungkin terjadi. Sebab kalau tidak hati-hati akan terjebak pada kesalahan-kesalahan yang menyesatkan. Untuk menghindari itu kita harus memperhatikan hal-hal berikut ini:
1. Haruslah mufasir ingat bahwa hasil penafsiran kita akan ayat Al-Qur'an tidaklah mutlaq kebenarannya dengan menafikan kebenaran tafsiran yang lain. Sebab hakikat kebenaran Al-Qur'an hanya Allah yang tahu, sedangkan kita hanya bisa berijtihad dalam memahaminya.
2. Kajian hanyalah terfokus pada topik yang kita bahas tidak diluar itu. Masalah yang diluar topic kita bukanlah menjadi tanggung jawab kita untuk menjelaskannya. Jika pembahasan kita melebar pada hal-hal yang tidak ada hubungannya dengan topic kita, maka kita tidak akan melihat keindahan bahasa Al-Qur'an dan tidak bisa merasakan kemukjizatan Al-Qur'an. Oleh karena itu, jika seseorang tidak menentukan terlebih dahulu tujuan dalam meneliti Al-Qur'an dia tidak akan sampai pada hasil yang ditawarkan oleh metode tafsir Maudu'i.
3. Al-Qur'an diturunkan secara berangsur-angsur(tadarruf) dalam jangka 23 tahun, seiring dengan peristiwa yang melatar belakanginya baik untuk menjawab pertanyaan, menentukan hukum yang terjadi, ataupun menasah hukum terdahulu. Seseorang akan tergelincir pada kekeliruan jika tidak tahu mana ayat yang turun terlebih dahulu, tidak tahu asbabunnuzulnya, munasabah antar ayat serta tidak mengetahui hadist dan koul sahabat terkait ayat yang akan diteliti.
Sebagai gambaran, seorang mufasir mengunakan metode Maudu'i untuk menafsirkan ayat yang mutlaq berikut ini: Al-Baqarah[2]:275,

Artinya:
”padahal Allah Telah menghalalkan jual beli dan mengharamkan riba.”
Dan ayat yang muqoyyat berikut ini: Ali Imran, [3]:130,

Artinya:
“ Hai orang-orang yang beriman, janganlah kamu memakan riba dengan berlipat ganda dan bertakwalah kamu kepada Allah supaya kamu mendapat keberuntungan.”
Dari kedua ayat diatas kalau kita tidak tahu mana ayat yang turun terlebih dahulu dan tidak tahu tahapan penetapan hukum, maka kita akan terjebak pada pemahaman yang salah. Secara sekilas kita bisa memahami dari ayat diatas mengambil riba haram hanya jika berlipat ganda,dan riba yang sedikit tidak apa-apa. Sebab ayat yang pertama(bersifat mutlaq) seakan-akan menjelaskan ayat yang kedua(bersifat mukoyyat) sebagaimana umumnya ayat mukoyyat menjelaskan ayat yang mutlaq. Pemahaman seperti ini adalah salah, jika kita tinjau dari ayat mana yang turun terlebih dahulu. Kita harus ingat kaidah pengecualian bahwa tidak selamanya ayat muqoyyat menjelaskan ayat mutlaq sebagaimana juga ayat khusus tidak selamanya menjelaskan ayat yang umum. Yang lebih penting dalam memahami sebuah ayat adalah mana ayat yang turun dahulu dan mana ayat yang turun belakangan serta tahapan penetapan hukum.
Pada contoh diatas, sebenarnya yang turun dahulu adalah ayat yang tertulis nomer dua( bersifat muqoyyat) kemudian ayat yang kesatu(bersifat mutlaq), itu terjadi sebab pada masa dahulu riba telah menjamur dan menjadi kebiasaan orang Arab sehingga Al-Qur'an lebih halus untuk memberi peringatan larangan riba dengan memberi kelongaran yaitu larangan riba hanya jika berlipat ganda, kemudian setelah dirasa orang Arab sudah bisa menerima larangan, baru larangan riba dipertegas bahwa riba haram mutlaq. Isyarat terserbut di dapat dari ayat berikut:

Artinya:
“Orang-orang yang makan (mengambil) riba[174] tidak dapat berdiri melainkan seperti berdirinya orang yang kemasukan syaitan lantaran (tekanan) penyakit gila[175]. keadaan mereka yang demikian itu, adalah disebabkan mereka Berkata (berpendapat), Sesungguhnya jual beli itu sama dengan riba, padahal Allah Telah menghalalkan jual beli dan mengharamkan riba. orang-orang yang Telah sampai kepadanya larangan dari Tuhannya, lalu terus berhenti (dari mengambil riba), Maka baginya apa yang Telah diambilnya dahulu[176] (sebelum datang larangan); dan urusannya (terserah) kepada Allah. orang yang kembali (mengambil riba), Maka orang itu adalah penghuni-penghuni neraka; mereka kekal di dalamnya.”
4. Mengikuti prosedur metode Maudu'i dengan teliti, jika tidak maka pemahaman yang utuh tentang tema dalam Al-Qur'an tidak akan terpenuhi.