Dunia pesantren memperlihatkan dirinya bagaikan bangunan luas, yang tak pernah kunjung berubah. Ia menginginkan masyrakat luar berubah. Oleh karena itu, ketika isu-isu modernisasi dan pembangunan yang dilancarkan oleh rezim negara jelas orientasinya adalah pesantren. Dalam kaitannya dengan peran tradisionalnya, pesantren kerap diidentifikasi memiliki peranan penting dalam masyarakat Indonesia, antara lain: sebagai pusat berlangsungnya transmisi ilmu-ilmu Islam tradisional, sebagai penjaga dan pemelihara keberlangsungan Islam tradisional, dan sebagai pusat reproduksi ulama’ .
Dalam proses pembelajaran di pesantren, ilmu-ilmu keislaman memang menjadi prioritas utama, untuk tidak mengatakan satu-satunya. Hal ini antara lain tampak dari kurikulum yang berlaku. Sebagaimana diketahui, kitab kuning berisi pembahasan tentang berbagai ilmu ke Islaman tradisional, yang dalam banyak aspek tidak memiliki hubungan langsung dengan ilmu-ilmu modern.
Sejalan dengan dinamika kehidupan masyarakat, pesantren mengalami perubahan dan perkembangan yang berarti. Diantaranya perubahan-perubahan yang paling penting menyangkut penyelengaraan pendidikan. Dewasa ini tidak sedikit pesantren di Indonesia telah mengadopsi sistem pendidikan formal seperti yang diselenggarakan pemerintah. Pada umumnya pilihan pendidikan formal yang didirikan di pesantren masih berada pada jalur pendidikan Islam. Namun demikian, banyak pula pesantren yang sudah memiliki lembaga pendidikan sistem sekolah seperti dikelola oleh Depdikbud. Beberapa pesantren bahkan sudah membuka perguruan tinggi, baik berupa Institut Agama Islam maupun Universitas .
Di pesantren-pesantren tersebut, sistem pembelajaran tradisional yang berlaku pada pesantren tradisional mulai diseimbangkan dengan sistem pembelajaran modern. Dalam aspek kurikulum, misalnya, pesantren tidak lagi hanya memberikan mata pelajaran ilmu-ilmu Islam, tetapi juga ilmu-ilmu imum modern yang diakomodasi dari kurikulum pemerintah. Dalam hal ini, mata pelajaran umum menjadi mata pelajaran inti, disamping mata pelajaran agama yang tetap dipertahankan. Begitu pula dalam pesantren yang baru ini, sistem pengajaran yang berpusat pada kyai mulai ditingalkan. Pihak pesantren umumnya merekrut lulusan-lulusan perguruan tinggi untuk menjadi pengajar di sekolah-sekolah yang di dirikan oleh pengelola pesantren.
Semua perubahan itu sama sekali tida mencabut pesantren dari peran tredisionalnya sebagai lembaga yang banyak bergerak di bidang pendidikan Islam, terutama dalam pengertiannya sebagai lembaga ”tafaqquh fi al-din”. Sebaliknya, hal tersebut justru semakin memperkaya sekaligus mendukung upaya transmisiu khazanah pengetahuan Islam trdisional sebagaimana di muat dalam “kitab kuning” dan melebarkan jangkauan pelayanan pesantren terhadap tuntutan dan kebutuhan masyarakat, terutama di bidang pendidikan formal. Dengan ungkapan lain, proses perubahan seperti dijelaskan diatas merupakan salah satu bentuk modernisasi pesantren sebagai lembaga pendidikan maupun lembaga sosial.
Namun, dalam proses perubahan tersebut, pesantren tampaknya dihadapkan pada keharusan merumuskan kembali sistem pendidikan yang di selenggarakan. Di sini, pesantren tengah berada dalam proses pergumulan antara “identitas dan keterbukaan”. Di satu pihak, pesantren di tuntut untuk menemukan identitasnya kembali sebagai lembaga pendidikan Islam. Sementara di pihak lain, ia juga harus bersedia membuka diri terhadap sistem pendidikan modern yang bersumber dari luar pesantren. Salah satu agenda penting pesantren dalam kehidupan dewasa ini adalah memenuhi tantangan modernisasi yang menuntut tenaga trampil di sektor-sektor kehidupan modern.
Dalam kaitan dengan modernisasi ini, pesantren diharapkan mampu menyumbangkan sumber daya manusia yang dibutuhkan dalam kehidupan modern. Mempertimbangkan proses perubahan di pesantren, tampaknya bahwa hingga dewasa ini pesantren telah memberi kontribusi penting dalam menyelengarakan pendidikan formal dan modern. Hal ini berarti pesantren telah berperan dalam perkembangan dunia pendidikan di Indonesia. Meskipun demikian, dalam konteks peningkatan mutu pendidikan dan perluasan akses masyarakat dari segala lapisan sosial terhadap pendidikan, peran pesantren tidak hanya perlu ditegaskan, tetapi mendesak untuk dilibatkan secara langsung .