Di samping menghadapi tantangan dari sistem pendidikan Belanda, pendidikan tradisional Islam, dalam hal ini pesantren, juga berhadapan dengan tantangan yang datang dari kaum reformis atau medernis muslim. Gerakan reformis yang menemukan momentum sejak awal abad ke-20 menuntut diadakan reformulasi sistem pendidikan Islam guna menghadapi tantangan colonialism dan ekspansi Kristen. Dalam konteks ini, reformasi kelembagaan pendidikan modern Islam diwujudka dalam dua bentuk. Pertama, sekolah-sekolah umum model Belanda tetap diberi muatan pengajaran Islam, seperti sekolah Adabiyah yang didirikan Abdullah Ahmad di Padang pada 1909 dan sekolah-sekolah umum model Belanda yang mengajarkan Al-Qur’an, yang didirikan oleh organisasi semacam Muhammadiyah. Kedua, madrasah-madrasah modern yang pada titik tertentu menganulir substansi dan metodologi pendidikan modern Belanda, seperti sekolah diniyah Zainudin Labay el-Yunusi .
Berkaitan dengan pernyataan di atas, ada benarnya jika kemudian analisis Karel A. Stenbrink dimunculkan. Menurut pengamat keislaman asal Belanda itu, pesantren meresponi atas kemunculan dan ekspansi sistem pendidikan modern Islam dengan bentuk menolak sambil mengikuti. Komunitas pesantren menolak paham dan asumsi-asumsi keagamaan kaum reformis, tetapi pada saat yang sama mereka juga mengikuti jejak langkah kaum reformis dalam batas-batas tertentu yang sekiranya mampu tetap bertahan . Oleh karena itu, pesantren melakukan sejumlah akomodasi yang dianggap tidak hanya akan mendukung kontinuitas pesantren, tetapi juga bermanfaat bagi santri. Dalam wujudnya secara kongkrit, pesantren merespon tantangan itu dengan beberapa bentuk. Pertama, pembaharuan substansi atau isi pendidikan pesantren dengan memasukkan subjek-subjek umum dan ketrampilan. Kedua, pembaharuan metodologi, seperti sistem klasikal dan penjenjangan. Ketiga, pembaharuan kelembagaan, seperti kepemimpinan pesantren, diversivikasi kelembagaan. Dan keempat, pembaruan fungsi, dari fungsi kependidikan untuk juga mencakup fungsi sosial ekonomi.