Penyelenggaraan pendidikan nasional diatur oleh Undang-Undang Nomor 2 Tahun 1989 tentang sistem Pendidikan Nasional yang penjabarannya tertuang dalam Peraturan pemerintah Nomor 27 tentang Pendidikan Prasekolah, Nomor 28 tentang Pendidikan Dasar, nomor 29 tentang pendidikan Menengah, dan Nomor 30 tentang Pendidikan Tinggi. Undang-Undang dan keempat Peraturan Pemerintah tadi harus menjadi rujukan dalam penyelenggaraan pendidikan oleh lembaga dimana pun pendidikan itu diselenggarakan.
UU Nomor tahun 1989 telah menetapkan bahwa pendidikan nasional terdiri dari tiga jenjang, yaitu jenjang Pendidikan Dasar, Pendidikan Menengah, dan Pendidikan Tinggi. Pendidikan pada anak-anak sebelum mengikuti pendidikan dasar adalah pendidikan prasekolah. Berdasar PP Nomor 28, pendidikan dasar mencakup satuan pendidikan menengah, yang mencakup pendidikan menengah umum (SMU/MA) dan pendidikan menengah kejuruan (SMK). Adapun PP Nomor 29 mengatur pendidikan tinggi, baik terkait jenis, program, dan stratanya. Dalam sistem Pendidikan Nasional ini juga termasuk penyelenggaraan pendidikan, seperti pendidikan yang berada dibawah naungan Depdiknas, Depag, maupun pendidikan kedinasan dibawah departemen-departemen lain. Selain pendidikan yang termasuk dalam jalur prasekolah, Undang-Undang dan Peraturan Pemerintah tersebut juga mengatur pendidikan pada jalur luar sekolah, salah satunya adalah pesantren.
Pesantren secara historis telah mendokumentasikan berbagai peristiwa sejarah bangsa Indonesia. Sejak awal penyebaran agama Islam di Indonesia, pesantren merupakan saksi utama dan sarana penting bagi kegiatan Islamisasi tersebut. Perkembangan dan dan kemajuan masyarakat Islam Nusantara, tidak mungkin terpisahkan dari peranan yang dimainkan pesantren. Besarnya arti pesantren dalam perjalanan bangsa Indonesia yang harus dipertahankan. Apalagi pesantren telah dianggap sebagai lembaga pendidikan yang mengakar kuat dari budaya asli bangsa Indonesia. Kehadiran pesantren sebagai lembaga pendidikan Islam, kini semakin diminati oleh banyak kalangan, termasuk masyarakat kelas menengah atas. Hal ini membuktikan lembaga ini mampu memberikan solusi terhadap kebutuhan pendidikan anak-anak mereka. Menurut data di Departemen Agama pada tahun 1998, bahwa dari 8.991 pondok pesantren saat itu, terdapat 1.598 berada diwilayah perkotaan sedangkan yang ada diwilayah pedesaan sebanyak 7. 393. Data ini menunjukan adanya pergeseran jumlah pesantren yang ada di perkotaan dari tahun ke tahun. Dengan melihat kecenderunggan ini, diprediksi suatu saat nanti akan terjadi pertimbangan jumlah pesantren antar kota dan desa.
Menurut Malik Fadjar, kelebihan pondok pesantren dapat dilihat dari polemik kebudayaan yang berlangsung pada tahun 30-an. Dr. Sutomo, salah seorang cendikiawan yang telibat dalam polemik tersebut, menganjurkan agar asas-asas sistem pendidikan pesantren digunakan sebagai dasar pembangunan pendidikan nasional. Walaupun pemikiran Dr. Sutomo itu kurang mendapat tanggapan yang berarti, tetapi patut digaris bawahi bahwa pesantren telah dilihat sebagai bagian yang tidak terpisahkan dalam proses pembentukan identitas budaya bangsa Indonesia. Pada tahun 70-an, Abdurrahman Wahid telah mempopulerkan pesantren sebagai sub-kultur dari bangsa Indonesia. Sekarang ini, umat Islam sendiri tampaknya telah menganggap pesantren sebagai model institusi pendidikan yang memiliki keunggulan, baik dari sisi transmisi dan internalisasi moralitas umat Islam maupun dari aspek tardisi keilmuan yang oleh Martin Van Bruinessen dinilainya sebagai salah satu tradisi agung (great tradition). Akan tetapi di samping hal-hal yang mengembirakan tersebut di atas, perlu pula dikemukakan beberapa tantangan pondok pesantren dewasa ini. Tantangan yang dialami lembaga ini menurut pengamatan para ahli semakin lama semakin banyak, kompleks, dan mendesak. Hal ini disebabkan oleh kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi (IPTEK). Ditengah derap kemajuan ilmu dan teknologi yang menjadi motor bergeraknya modernisasi, dewasa ini banyak fihak merasa ragu terhadap eksistensi lembaga pendidikan pesantren. Keraguan itu dilatar belakangi oleh kecenderungan dari pesantren untuk bersikap menutup diri terhadap perubahan di sekelilingnya dan sikap kolot dalam merespon upaya modernisasi. Menurut Azyumardi Azra, kekolotan pesantren dalam mentransfer hal-hal yang berbau modern itu merupakan sisa-sisa dari respon pesantren terhadap kolonial Belanda. Lingkungan pesantren merasa bahwa sesuatu yang bersifat modern, yang selalu mereka anggap datang dari barat, berkaitan dengan penyimpangan terhadap agama. Oleh sebab itu, mereka melakukan isolasi diri terhadap sentuhan perkembangan modern sehingga membuat pesantren dinilai sebagai penganut Islam tradisional.
Perkembangan dunia telah melahirkan suatu kemajuan zaman yang modern. Perubahan-perubahan yang mendasar dalam struktur budaya masyarakat seringkali membentur pada aneka kemapanan. Akibatnya ada keharusan untuk mengadakan upaya kontekstualisasi bangunan-bangunan budaya masyrakat dengan dinamika modernisasi, tak terkecuali dengan sistem pendidikan pesantren. Karena itu, sistem pendidikan pesantren harus melakukan upaya-upaya konstruktif agar tetap relevan dan mampu bertahan.